За те годы, пока BioShock разрабатывалась, сюжет ее кардинально поменялся. Несколько лет назад игра анонсировалась как экшен, действие которого разворачивается на некоем острове Назис (Nazis), но так случилось, что от этой задумки разработчикам пришлось отказаться.
Эта информация появилась в интервью с Кеном Левайном (Ken Levine) на ShackNews. Изначально BioShock обещала поведать о крестовом походе отважного депрограммера (deprogrammer) против лесбиянок, который должен был при помощи своих уникальных способностей «промыть» им мозги. Миссия главного героя состояла в «исправлении» маленькой девочки-лесбиянки, это был очень странный ребенок, пронизанный темными силами.

Первое, что начали делать разработчики, так это дизайн игрового мира с историей про странную девочку, причем многие элементы дошли нетронутыми до финальной версии BioShock. Сценарий постоянно менялся, а первостепенной вещью в проекте считали создание великолепного геймплея. И хотя от того сценария, к счастью или сожалению, не осталось и следа, со второй целью разработчики справились на отлично.